生物顯微鏡除目前推崇的冰凍超薄切片法外，在這里再介紹一種科學家們用過的沉積技術。在進行分析前加入一種物質，使之與待分析的成份形成沉積物以固定它，然后分析該沉積物。例如，人們常用草酸鹽與焦銻酸鹽去沉積肌細胞中的ca。前者對胞漿中低濃度的ca敏感性不夠高；焦銻吱鹽的敏感性高些，可與腦漿中游離ca形成電子致密的沉積物，但焦銻酸鹽與鈉、錳、鋇、鐵也形成沉積物，特異性較差。標本制備過程類似于普通透射電鏡超薄切片標本的制備，不同之處在于固定前3%焦銻酸鉀固定6小時，在染色的肌肉超薄切片上，在每個肌節的A帶和2帶的中線可見黑色沉淀物、再用未染色的切片做X射線微區分析。曾用二氨基聯苯胺四鹽酸去沉淀含血紅素的物質等等。這種組化的沉淀反應與x射線微區分橋聯合應用在不具備冰凍超薄切片條件的實驗室可考慮采用。根據待分析元素的峰高可做半定量。

理論上，任何光學系統都不能生成理想的像，因為客觀條件下，各類像差的存在影響了生物顯微鏡的成像質量。除了像差之外，還有一些生物顯微鏡自身存在的因素影響生物顯微鏡的成像質量。主要有如下幾點：

①在使用顯微鏡時，被檢物體做的比較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合標準等。

②物鏡按檔次可分為6～8個檔，常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。

③聚光鏡孔徑光欄盡量和物鏡的數值孔徑相符，才能得到理想的圖像分辨率。

④調焦系統作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸生物顯微鏡的操作者，熟練使用調焦系統，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。

⑤載物臺在觀察切片時，常做X、Y軸的移動。如：雙層機械移動臺，精度和穩定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。

⑥非球面聚光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度。

⑦視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。

⑧照明系統如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，生物顯微鏡觀察到的是分辨率和銳利度較高的顯微圖像。